Cooke có tên khai sinh là Samuel Cook. Anh được sinh ra ở Clarksdale, Mississippi vào năm 1931 (sau này vào năm 1957 anh đã tự thêm một chữ "e" vào họ của mình để đánh dấu mốc thay đổi trong cuộc đời anh).[10] Anh là đứa thứ năm trong tám người con của mục sư Charles Cook và vợ là Annie Mae trong nhà thờ Chruch of Christ. Một trong những anh em của Sam là L.C. (1932–2017)[11] đã gia nhập nhóm nhạc doo-wop Johnny Keyes and the Magnificents.[12]

Gia đình anh đã chuyển đến Chicago vào năm 1933.[13] Cook đã học ở Mầm non Doolittle[14] and Trung học Viện hàn lâm Wendell Phillips[15] ở đó, nơi mà Nat "King" Cole đã theo học vài năm trước. Sam Cooke bắt đầu ca hát với anh em của mình trong nhóm Singing Children khi mới có sáu tuổi.[16] Anh bắt đầu hát chính khi trong nhóm Highway QC vào năm 14 tuổi.[17] Vào thời gian này, Cooke đã kết bạn với một vài ca sĩ Phúc âm khác, trong đó có cả Lou Rawls, một ca sĩ Phúc âm trong nhóm kình địch.[18]